どの機能でしているのかは、よくわかりませんが。
C + x h
C + M + \
これで、インデントをあまり気にしなくて済むようになりました。
崩れたら、C + x h C + M + \ を打ち込めば済みます。
追記：
Teraterm だと問題ないのですが、Poderosa だと、C + M + \ が有効になりません。
M + x indent-region
となります。
Poderosa で 左 Alt を Metaキーにすれば動くと思ったのですが
全体的な挙動がおかしくなるので、あきらめました。
